Die heutige JuAr Basel wird 1942 unter dem Namen Basler Freizeitaktion BFA gegründet: Leitgedanke dabei ist es, den Jugendlichen der Region Basel in der schweren Zeit des Weltkriegs ein abwechslungsreiches Freizeitprogramm zu ermöglichen. Für sie errichtet die Organisation Werkstätten sowie Freizeitstuben. Darüber hinaus bietet sie ein breites Programm an, das sich von Singabenden über Führungen bis hin zu Wanderungen und Ferienreisen erstreckt.
1962 wird dann das Sommercasino eröffnet, das erste Jugendzentrum der Schweiz (seit 2016 in neuer Trägerschaft). Infolge der Bewegung der 1968er-Jahre wird das Konzept des Sommercasino von Grund auf überarbeitet, es werden dabei erstmals ausgebildete SozialarbeiterInnen eingestellt. 1975 entsteht im St. Johann der erste Quartier-Treffpunkt, der Ferienpass wird aus der Taufe gehoben und die Beratungsstelle „Kaffi Schlappe“, aus welcher die heutige Jugendberatung hervorging, eröffnet. In den 1980er-Jahren folgen weitere Treffs im Hirzbrunnen, in Kleinhüningen, im Gundeli und im Bachgraben.
Seit 1989 bietet die damalige BFA, gemeinsam mit engagierten Partnerorganisationen, die moderne Freizeitkarte colourkey für Jugendliche zwischen 15 bis 25 Jahren an. Der Treffpunkt „Mädona“ für Mädchen und junge Frauen wurde 2001 ins Leben gerufen – und im September 2003 öffnete im Neubad ein weiteres Jugendzentrum seine Türen.
Seit 2006 betreiben wir die Freizeithalle Dreirosen mit dem RiiBistro und einem Beschäftigungsprogramm für arbeitslose Jugendliche (anfangs als eigener Verein). Die drei Angebote in den schulischen Tagesstrukturen (Tagesstruktur Primarstufe Dreirosen und die schulexternen Tagesstrukturen Basel-West Neubad und seit Kurzem Landhof in der altehrwürdigen Stadiontribüne) sind ebenfalls eine Erweiterung unserer Tätigkeiten in den letzten Jahren. Aus einem spannenden Projekt entsteht 2013 in Kooperation mit den Bibliotheken der GGG ein festes Angebot von Jugendarbeit an mehreren Standorten. 2015 übernimmt JuAr Basel ausserdem die Offene Jugendarbeit in der Gemeinde Birsfelden mit dem Jugendzentrum Lavater.
2020 wird nach Jahrzehnten wieder ein neues Jugendzentrum in Kleinhüningen, das Chillout, eröffnet. 2022 bezieht die im 2017 initiierte Mädchenarbeit Gundeli erstmals eigene Räumlichkeiten als Mädona Gundeli.